Εγγυητές της προστασίας των κοινοτικών δικαιωμάτων είναι ο κοινοτικός και εθνικός δικαστής στο πλαίσιο ενός «σοφού» καταμερισμού αρμοδιοτήτων με γνώμονα την αμοιβαία αναγνώριση και σεβασμό της αρχής της αυτονομίας των εθνικών και της κοινοτικής έννομης τάξης.

Η αυτονομία αυτή δεν είναι απόλυτη. Συχνά, η εφαρμογή εθνικών ουσιαστικών διατάξεων προσκρούει στις αρχές της υπεροχής και του άμεσου αποτελέσματος του κοινοτικού δικαίου· επίσης, οι αρχές του ωφέλιμου αποτελέσματος του κοινοτικού δικαίου, της ισοδυναμίας των ενδίκων μέσων και της αποτελεσματικής προστασίας των κοινοτικών δικαιωμάτων περιορίζουν τη δικονομική αυτονομία των κρατών-μελών, επιπλέον δε επιβάλλουν στα εθνικά δικαστήρια την υποχρέωση να εξετάζουν και αυτεπαγγέλτως λόγους που αντλούνται από το κοινοτικό δίκαιο. Από την άλλη πλευρά, η αυτονομία της κοινοτικής έννομης τάξης περιορίζεται από τις αρχές της επικουρικότητας και της δοτής αρμοδιότητας των κοινοτικών οργάνων. 

Η οριοθέτηση της αυτονομίας της κοινοτικής και των εθνικών έννομων τάξεων έχει καθοριστική σημασία για τη συνοχή του κοινοτικού δικαιοδοτικού συστήματος και την επιτυχή επιτέλεση της αποστολής του εθνικού δικαστή ως (κοινοτικού) δικαστή.